我包罗万象
最新书摘：
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YUANYUAN2020-03-11现在还只是个假说，但核心设想是，为了让你获得做很多奇特事情的能量，你身上的微生物会提前适应。……微生物为动物打开了很多扇大门，给予后者各种各样的生存可能，使它们能够实现本不可能的存货方式。
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蓝夕2020-02-16数据讲出的故事或许很荒谬，但它们从不撒谎。它们告诉我们，柑橘粉蚧是至少六种不同物种的混搭，其中五种是细菌，有三种甚至已经不复存在。它通过前共生体的基因控制细菌、制造物质，完善它与现有共生体之间的关系。
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蓝夕2020-01-11他们指出，用抗生素消灭原生菌种后，有害的菌种变成了霸主。他们研究了再无菌条件下培养起来的小鼠，发现这些小鼠更短命，成长速度也更缓慢，内脏和免疫系统都发育异常，且更容易因为压力或病菌而受到感染。他写道：“在动物和人类的发育和生理活动中，有几种微生物发挥了至关重要的作用。”《Dubos,1965,pp.110-146》
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蓝夕2020-01-11他们也了解到，肠道中的微生物特别丰富，而且会随动物摄食的不同而变化，1909年，肯德尔把肠道形容为“完美的细菌孵化器”，而这些细菌“不会主动破坏人类的正常生理活动”。当宿主抵抗力下降，它们可能会伺机引发疾病；但在一般情况下，它们大多无害
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wanderz2019-12-28但是白蚁不像考拉，它每次蜕皮都会失去肠道内衬和其上的所有微生物，所以经常需要舔舐兄弟姐妹的“后门”来补充微生物。我们可能觉得这种习惯令人生理不适，但放眼动物世界，我们对粪便的厌恶反而显得很不寻常。牛、大象、熊猫、大猩猩、老風、兔子、狗、鬣蜥、葬甲、蟑螂和苍蝇等许多我们熟知的动物都具有粪食性（ coprophagy），即经常吃彼此的粪便。
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wanderz2019-12-25笔记：女儿国的形成！沃尔巴克氏体就是我最喜欢的细菌。它的行为和传播范围都令人惊叹。它还完美地佐证了所有微生物都拥有双重身份的事实：既是我们的合作伙伴，又是寄生体。 20世纪八九十年代，卡尔乌斯向全世界展示了如何通过基因测序来鉴定微生物、自那之后，生物学家开始发现，沃尔巴克氏体无处不在。而许多独立研究这种细菌的科学工作者逐渐意识到，他们的研究都导向了同个发现：这种细菌能够操纵其宿主的性生活。理查德・斯陶特海默（RichardStouthamer）发现了一组进行无性生殖、实际上全为雌性的黄蜂，它们完全通过克隆来繁殖。这种特性正是拜细菌沃尔巴克氏体所赐：当斯陶特海默给黄蜂用抗生素杀死细菌后，雄性又突然出现，不同性别的个体再次开始交配。蒂埃里・里戈（ Thierry Rigaud）在木虱中发现了一种细菌，它会干扰雄激素的产生，从而把雄性转化为雌性一一而这种细菌，也是沃尔巴克氏体。
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wanderz2019-12-24从你的角度出发，有没有从菜单上点到正确的菜肴所导致的区别，仅仅在于吃了一顿好的还是坏的。但是对于肠道细菌而言，这个选择异常重要。在不同的饮食条件下，不同微生物的生存、生长状况也不同。比如，有些十分善于消化植物纤维，有些则能在脂肪的供给下茁壮成长。选择用餐的同时，你也选择了喂饱哪种细菌，并且使某种细菌获得优于其他细菌的地位。但细菌也不会耐心地等待你的决定。正如我们所见，细菌能想办法侵入你的神经系统。如果它们能在你吃到“正确”的食物时释放多巴胺（一种与愉悦和奖励相关的化学物质），这是不是在潜在地“训练”你对食物的偏好？你点菜时，它们有发言权吗？现在这只是一个假设，但并不牵强。自然环境中充斥着控制宿主头脑的寄生虫；“狂犬病病毒会感染神经系统，使携带者变得暴力且极具侵略性如果感染者向同类发起攻击，并咬伤或抓伤同类，那么病毒会趁机传染到新宿主上。弓形虫（7 oxoplasma gondii）是一种大脑寄生虫，是另一种如傀儡师一般的存在。它只能在猫的体内进行有性生殖，一旦进入老鼠体内，就会抑制啮齿动物对猫的气味的自然恐惧，甚至能把这种恐惧转换为性引诱。老鼠会屁颠屁颠地跑向附近的猫，直接送上小命。弓形虫因此得以重新进人猫的体内，完成生命周期。狂犬病毒和弓形虫是彻头彻尾的寄生虫，它们以宿主的生命和健康为代价，自私地达成自己的繁殖目的，常常导致有害且致命的结果。我们的肠道微生物则不同，它们是我们生命中的自然组成。它们帮助塑造了肠道免疫系统、神经系统等身体部位，造福我们。但是，我们不能因此而陷入种虚假的安全感。共生的微生物仍然自成一体，它们也需要拓展自己的利益，在演化的战场上拼杀。它们可以是我们的合作伙伴，但不是我们的朋友。即使在最和谐的共生关系中，也总有冲突、自私和背叛。
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企鹅同志2019-10-16这些原则很容易被遗忘。我们喜欢非黑即白的叙事，英雄与恶棍泾渭分明。过去几年，我见证了从“所有细菌必须被消灭”到“细菌是我们的朋友，希望它们帮助我们”的转向。但是后者与前者是同一种错误的一体两面。我们并不能因为某种特定的微生物生存在我们体内，就简单地假设它是“好”的。甚至连科学家有时也会忘记这点。“共生”这一术语原有的意义已经扭曲，其原本的中立含义“共同生活”被注入了积极色彩，浅薄地暗示着合作与和谐的内涵。但这不是演化的真实面貌，它不一定利于合作，即使结果符合双方利益；它甚至会为最和谐的关系绑上导致冲突的定时炸弹。
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时间的玫瑰2019-11-20从细菌的角度看，每个人都是一座岛屿
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hedgehog2019-11-12个体的发育不仅在动物的基因指令下进行，也受微生物基因的影响。
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hedgehog2019-11-08我们是社会生物，因此会寻求理解其它生物体与我们之间的联系。
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蓝夕2020-01-30护林员只有在我们生命伊始时才不那么忙碌，借用微生物学的术语形容，彼时的我们正处在“白板状态”。为了让第一种微生物定植于新生儿体内，一种特殊的免疫细胞会抑制身体的防御系统一一这就是为什么婴儿新生后的六个月内极易受到感染。人们通常认为婴儿此时的免疫系统尚不成熟，但事实并非如此，是它故意给微生物敞开了一扇可以自由进入的窗口，让后者得以生存生长。但是，没有免疫系统的选择能力，哺乳动物的婴儿如何确保获得正确的微生物菌群呢母亲会帮助他们。母乳中富含控制成年人微生物菌群的抗体，婴儿通过母乳摄取这些抗体。免疫学家夏洛特・凯泽尔（ Charlotte Kaetzel）改造了一种基因突变的小鼠，它们的母乳中不包含其中的一种抗体。然后她发现，这些小鼠的幼体长大后，其肠道微生物组成十分奇怪。这些组成与典型的炎症性肠病患者的肠道微生物相仿，其中很多细菌会穿透肠壁，进而导致淋巴结炎症。正如前文所述，许多无害的细菌，只有待在本应该待的地方才无害。母乳可以约束这些细菌。当然，母乳的功用远不止于此。哺乳动物正是通过母乳实现了最令人惊讶的微生物控制手段。
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蓝夕2020-01-30接着便轮到观察我们自己了。人的腋下和一只鬣狗的臭腺并无太大区别：温暖，湿润，富含细菌。每一个物种都会制造自己的“芳香”。棒状杆菌（ Corynebacterium）把汗水转换成闻起来像洋葱的东西，把睾转换成闻起来像香草、尿液或者什么都不像的物质，这些完全取决于闻者的基因。这些气味都在传递有用的信号吗？当然！腋下的微生物构成出奇地稳定，腋窝的气味也一样。每个人都有自己独特的气味。在几例相关研究实验中，志愿者能通过各自T恤上的气味辨别出不同的人，甚至还成功匹配了同卵双胞胎的气味。
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hedgehog2019-11-12发达国家的儿童不再经历曾经困扰上一代的传染病，所以免疫系统缺乏“经验”，变得过于“神经质”。
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hedgehog2019-11-12即使在最和谐的共生关系中，也总有冲突、自私和背叛。
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hedgehog2019-11-08免疫系统并不只是控制微生物的手段，它至少部分地由微生物控制。这是我们体内微生物保护我们的另一种方式。
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大地2020-05-21广泛地用消毒牙膏、化妆品、除臭剂、厨房用具、玩具、衣服和建筑材料等消费品。我们想要一个清洁的世界，即一个没有微生物的世界，却没有意识到这么做会带来怎样的后果。我们长久以来直在打击微生物，让这个本应包容我们生存所需的微生物的世界，变得充满敌意。马丁・布莱泽不仅担心人们会缺乏一些重要的微生物，还深切地关注可能完全消失的某些微生物。以他最喜欢的幽门螺杆菌为例。20世纪90年代，布莱泽也曾破坏过幽门螺杆菌的声誉。当时的科学界已经知道它会引起胃溃疡，而布莱泽和其他人证实，幽门螺菌还会增加人类罹患胃癌的风险。直到后来他才意识到，这种微生物也有有益的一面：它会抑制胃酸回流、降低食管癌，甚至是哮喘的患病风险。现在，布莱泽一谈起幽门螺杆菌就充满感情。它是我们最古老的朋友之一，和人类纠缠了至少58，000年。
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YUANYUAN2020-03-12如果有益的物种填充了这些生态位，危险的物种便不能侵入，如此多样的微生物群落只要简简单单地存在，就可以搭建起封锁疾病的网络。这种效应便是定植抗性。……海洋变暖、海水酸化和富营养化破坏了它们（珊瑚）与微生物之间的伙伴关系，使菌群变得不正常或贫瘠，也使珊瑚更易饱受疾病困扰，也许可以说，正是这种关系的破坏导致了疾病的产生。藻类在珊瑚礁上茂密生长时，会产生大量的DOC，并为珊瑚的微生物提供充足的食物。这些藻类糖通常会沿着食物链向上流动……但是如果鲨鱼死亡，这些糖类就不再为鱼类供能，而是滞留在食物链的底层，成为微生物细胞的组成部分。微生物大快朵颐，因为爆炸性地增长而消耗完了周围的氧气，也继而窒息了珊瑚。（P97）生态失调……它不意味着某个个体不能抵抗某种病原体，而意味着共生的不同物种（宿主和共生体）之间出现了沟通问题；它把疾病重塑成了一个生态问题。（P100）在过去的半个世纪，我们通过提高卫生标准、开发抗生素、结合现代饮食，逐渐把“免疫恒温器”的标准调得更高，结果导致我们的免疫系统在无害的东西面前也变得十分“暴躁”，比如灰尘、食物中的分子、体内的常驻微生物，甚至是我们自己的细胞。……这便是卫生假说及其衍生学说的言下之意：接触更广泛的微生物种群可以改变生物体内的微生物组，并抑制过敏性炎症（P111）。饱和脂肪能滋养各种可能导致炎症的微生物。……膳食纤维则具有相反的效果……细菌分解纤维素时会生成一种化学物质，短链脂肪酸。这些物质会聚集并激活大量的抗炎细胞，使反应过度的免疫系统恢复平静。
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蓝夕2020-02-16翻看一篇篇相关论文，想从中找出基础扎实的研究可是件苦差事。幸运的是，一个名为科克伦协作网（ Cochrane Collaboration）的非营利组织在专门开展这项工作。这个在业界声望颇高的协作组织，会使用系统化的方法核查医学研究。根据他们的判断，益生菌可以缩短传染性腹泻的发作期，并减少由抗生素治疗引起的腹泻风险。它们也可以拯救坏死性小肠结肠炎患者的生命，那是一种可怕的肠道疾病，会影响早产儿的健康。好了，益处列到这里为止。相比于社会上对益生菌的炒作，它的真实效果并没有那么神乎其神。现在仍然没有明确的证据表明益生菌能够帮助治疗过敏、哮喘、湿疹、肥胖、糖尿病、相对常见的炎性肠症类型、自闭症，或者任何其他与微生物组有关的疾病；目前尚不清楚，是否是微生物组的变化产生了这些有益效果。